Ngày 21 tháng 4 năm 2005, giám đốc CDC, tiến sĩ Julie Gerberding đã công bố chính thức cơ cấu tái tổ chức của CDC nhằm "chống lại những mối đe dọa tới sức khỏe ở thế kỷ 10". Việc tái cơ cấu này đã đưa ra cơ cấu như sau:

Kể từ tháng 8 năm 2019, các CIO là:

• Giám đốc
  • Phó hiệu trưởng
    • Phó Giám đốc - Dịch vụ Y tế Công cộng và Khoa học Thực hiện
      • Văn phòng dân tộc thiểu số và công bằng y tế
      • Trung tâm sức khỏe toàn cầu
      • Trung tâm chuẩn bị và ứng phó
      • Trung tâm hỗ trợ nhà nước, bộ lạc, địa phương và lãnh thổ
    • Phó Giám đốc - Khoa học và Giám sát Y tế Công cộng
      • Văn phòng Khoa học
      • Văn phòng Khoa học và An toàn Phòng thí nghiệm
      • Trung tâm giám sát, dịch tễ và dịch vụ phòng thí nghiệm
      • Trung tâm thống kê y tế quốc gia
    • Phó giám đốc - Bệnh không truyền nhiễm
      • Trung tâm quốc gia về khuyết tật bẩm sinh và khuyết tật phát triển
      • Trung tâm quốc gia về phòng chống bệnh mãn tính và tăng cường sức khỏe
      • Trung tâm Sức khỏe Môi trường Quốc gia và Cơ quan Đăng ký Chất độc và Đăng ký Bệnh
      • Trung tâm phòng chống thương tích quốc gia
    • Phó giám đốc - Bệnh truyền nhiễm
      • Trung tâm quốc gia về tiêm chủng và bệnh hô hấp
      • Trung tâm quốc gia về các bệnh truyền nhiễm mới nổi và bệnh Zoonotic (bao gồm Bộ phận Di cư và Kiểm dịch Toàn cầu, nơi ban hành các lệnh cách ly
      • Trung tâm quốc gia phòng chống HIV / AIDS, viêm gan virut, STD và phòng chống lao
    • Viện An toàn và Sức khỏe Nghề Nghiệp Quốc Gia
  • Văn phòng Giám đốc
    • Chánh văn phòng
    • Giám đốc điều hành
      • Phòng nhân sự
      • Phòng tài chính
      • Văn phòng Quản lý An toàn, An ninh và Tài sản
      • Văn phòng Giám đốc Thông tin
    • Giám đốc y tế
    • Văn phòng CDC Washington
    • Văn phòng cơ hội việc làm bình đẳng
    • Phó giám đốc - Truyền thông
    • Phó Giám đốc - Phòng thí nghiệm Khoa học và An toàn
    • Phó Giám đốc - Chính sách và Chiến lược

Văn phòng Chuẩn bị Y tế Công cộng đã được tạo ra trong các cuộc tấn công bệnh than năm 2001 ngay sau vụ tấn công khủng bố ngày 11 tháng 9 năm 2001. Mục đích của nó là phối hợp giữa chính phủ để đối phó với một loạt các mối đe dọa khủng bố sinh học.[2]